ほとんど使われないが、唐柿（とうし）、赤茄子（あかなす）、蕃茄（ばんか）、小金瓜（こがねうり）などの異称もある。
トマトは長らく独自の属（トマト属 Lycopersicon）に分類されてきたが、1990年代ごろからの様々な系統解析の結果、最近の分類ではナス属 (Solanum) に戻すようになってきている。元々リンネはトマトをナス属に含めてlycopersicum（ギリシャ語lycos '狼' + persicos '桃'）という種小名を与えたが、1768年にフィリップミラーがトマト属を設立して付けたLycopersicon esculentumが学名として広く用いられてきた。この学名は国際植物命名規約上不適切な（種小名を変えずにLycopersicon lycopersicumと すべき）ものであったが、広く普及していたため保存名とされてきた。しかし系統解析によりトマト属に分類されてきた植物がナス属の内部に含まれることが明 らかとなったため、ナス属を分割するか、トマト属を解消してナス属に戻すかの処置が必要になった。したがってリンネのやり方に戻して、学名もSolanum lycopersicumとするようになっている。
植物学において、近年トマトはナス科のモデル植物として注目されている。Micro Tom は矮性で実験室でも育成が可能な系統として利用されている。また、国際的なゲノムプロジェクトも行われており、研究のためのリソースが整備されつつある。
栽培種としてのトマト [編集]
植物的特性 [編集]
日本では冬に枯死するため一年生植物であるが、熱帯地方などでは多年生であり適切な環境の下では長年月にわたって生育し続け、延々と開花と結実を続けることができる。1本仕立てで1年間の長期栽培を行うとその生長量は8m～10mにも達する。通常の品種（支柱に誘引するタイプ）では発芽後、本葉8葉から9葉目に最初の花房（第一花房）が付き、その後は3葉おきに花房を付ける性質をもつ。地這栽培用の品種では２葉おきに花房をつける品種も多い。 また、各節位からは側枝が発生する。側枝では5葉目と6葉目に花房が付き、その後は3葉おきに花房を付けるが、側枝は栽培管理上、除去される事が多い。 株がストレスを受けると正常な位置に花が付かない（花飛び）現象が発生するため、株が適切に生育しているかどうかを示す指針となる。
適温は昼温20～25度、夜温10～20度とされる。気温が30度を超えた環境では花粉稔性の低下により着果障害や不良果が増加し、最低気温が5～10度を下回ると障害を受ける。適湿度は65～85%でありこれ以下では生育が劣り、これ以上では病気が発生しやすくなる。
潅水量が多すぎると果実が割れ、少ないと障害果が発生するため、高品質な果実を作るためには潅水量の細かい制御を必要とする作物である。潅水量を減らすことで高糖度な果実を生産することができるが、収量は減少する。水耕栽培では養液の浸透圧を制御する事で高糖度化を行うことができる。
トマトにはアルカロイド配糖体(トマチン)が含まれる。その含量は品種や栽培方法によって異なるが、かずさDNA研究所による測定例では、花 (1100mg/kg) 、葉 (975mg/kg) 、茎 (896mg/kg) 、未熟果実 (465mg/kg) 、熟した青い果実・グリーントマト (48mg/kg) 、完熟果実 (0.4mg/kg) という報告がされている。
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